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La fonte idrica determina la qualità biologica dell’acqua e quindi il rischio di eventuali contaminazioni.
Per questo motivo si consiglia di effettuare dei test microbiologici prima di utilizzarla.
La soluzione nutritiva, come il substrato, è caratterizzata da un’elevata ricettività alle malattie. All'inizio del ciclo di coltivazione, la microflora radicale è troppo ridotta per combattere eventualmente gli agenti patogeni. E' comunque possibile controllare la qualità microbiologica del substrato, nonché la presenza dei vari organismi nocivi e trasmettitori di malattie (quali gli insetti), grazie alle misure profilattiche e alla lotta chimica. L'acqua stessa utilizzata per l'irrigazione e per la produzione delle soluzioni nutritive può infatti costituire la principale fonte di contaminazione.
La qualità dell'acqua è quindi un fattore da tenere sotto controllo. A tal fine è necessario stabilire principi affidabili e controllabili per tutta la durata della coltivazione. La qualità biologica dell'acqua dipende dalla sua origine (rete di distribuzione dell'acqua potabile, acqua di pozzo, acque pluviali, acqua di serbatoio o fluviale). In generale, le ultime tre fonti di approvvigionamento forniscono un'acqua di qualità mediocre. Fanno una leggera eccezione le acque pluviali, la cui qualità è direttamente influenzata dalle condizioni di conservazione.
La soluzione nutritiva stessa deve essere sottoposta a test microbiologici atti a constatare l'evoluzione delle contaminazioni nel corso del tempo, soprattutto quando si tratta di una soluzione nutritiva riciclata. In pratica, è possibile individuare le specie microbiche a condizione che siano presenti in quantità non inferiore alla soglia d'individuazione prevista dai metodi applicati. Inoltre, alcuni microrganismi non sono coltivabili.
Attualmente, i metodi d'individuazione sono improntati sull'uso di anticorpi appositamente diretti contro i microrganismi (metodo ELISA) o sull'amplificazione del DNA tramite la tecnica PCR.
Tuttavia, il censimento globale dei microrganismi, reso possibile da queste tecniche, non tiene conto del fatto che alcuni di essi non sono patogeni e che non tutti i ceppi hanno lo stesso grado di patogenicità. Nell'insieme, risulta quindi delicato valutare i rischi patologici reali associati all'utilizzo delle soluzioni nutritive.
Per ridurre i rischi, si può ricorrere all'uso di trattamenti fisici, chimici o biologici.
Attualmente i produttori utilizzano fitosanitari per integrare la soluzione nutritiva.
Si basa su una sola parte della soluzione nutritiva e non è mai assoluto. E’ possibile ricorrere all’uso di organismi antagonisti.
Inoltre, è bene notare che la temperatura della soluzione nutritiva influisce profondamente sulla moltiplicazione e conservazione dei patogeni (Lemanceau et al., 1995). Alcuni studi condotti nel 1995 hanno anche permesso di dimostrare che la bassa pressione parziale nell'ossigeno della soluzione nutritiva favorisce alcuni Pythium, che diventano così più aggressivi.
LEMANCEAU P., LETARD M., STEINBERG C.- Qualité biologique de la solution nutritive (Qualità biologica della soluzione nutritiva). P.H.M. Revue Horticole, n°363, Ottobre 1995, p. 24-29
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